Eine besondere Kostbarkeit ist der ursprünglich als Seitenaltar dienende Marien- oder Sebastiansaltar des Ulmer Meisters Daniel Mauch (um 1529) im Chor der Kirche.
In der Mitte des Schreines steht etwas erhöht die heilige Jungfrau Maria, die Schutzpatronin der Kirche, links davon der heilige Mauritius mit Kommandostab, rechts die heilige Magdalena mit dem Salbengefäß.
Die Innenseite der Flügel zeigen als Relief links den Heiligen Rochus, den Patron gegen die Pest und rechts die heilige Elisabeth als Sinnbild der christlichen Nächstenliebe mit Krug und Glas, Brotlaib und Teller. Die Predella enthält zwei Gruppendarstellungen des Fegfeuers, die Jörg Syrlin d. Ä. (Ende 15. Jahrhundert) zugeschrieben werden.
Diese Darstellung ist allerdings in der Regel nur über die Osterfeiertage zu sehen. Der Baldachin des Altars birgt eine Darstellung des Heiligen Sebastian. Die Kreuzigungsgruppe (um 1520) mit dem Kruzifix, der Maria und dem heiligen Johannes bildet am Eingang zum Chor einen bemerkenswerten Blickpunkt.
Die barocke Sakristeitüre aus dem Jahr 1683 symbolisiert das Alte und Neue Testament mit den Relieffiguren Moses und Jesus. Die Kanzel von 1621, ein Meisterwerk der Schreinerarchitektur, weist eine reiche Ornamentik der Spätrenaissance auf.
Der Kircheninnenraum wird durch Grabmäler (das älteste stammt aus dem Jahre 1471) zusätzlich geschmückt.
